Un jour, une ville est anéantie. Yuki est une jeune femme qui serait la seule survivante de cette fameuse ville après sa destruction et Takuya un homme solitaire. Ensemble, avec la lettre laissée par le père de Yuki, ils se mettent en route vers cette ville, maintenant appelée Lost, mais des obstacles inattendus se dressent sur leur chemin. Les pensées des défunts, des mystérieuses organisations secrètes et des conspirations les attendent alors qu'ils se rapprochent du mystère derrière Lost.

Shun Takahata es un estudiante corriente que lleva una vida aburrida. Su amigo de toda la vida es Ichika Akimoto . Un día la cabeza de un maestro explota en plena clase. Shun Takahata y sus compañeros se ven obligados a jugar un macabro juego de la muerte sin saber cómo, por qué o quién les ha metido en ese lio.